Durante casi todo el período de tiempo vivido en Ars, Juan María Vianney experimentó una profunda crisis, derivada en buena medida de considerarse a sí mismo incapaz y no idóneo para el ministerio pastoral. Deseaba retirarse en soledad.​ Era tan humilde que no se percataba de su propia humildad, y casi se hundía en la preocupación ante la idea de que jamás en la Historia de la Iglesia se había canonizado a un sacerdote parroquial.

Es terrible tener que comparecer ante Dios como sacerdote de una parroquia.

Juan María Vianney

Vianney hacía caso omiso del comportamiento de muchos peregrinos y parroquianos que ya en vida lo consideraron un santo, o de vulgares coleccionistas de reliquias que llegaban a recortar trozos de su sotana mientras él pasaba entre la muchedumbre, o que robaban su breviario o catecismo para tener algo de él.

Y aún en el último año de vida, cuando en la festividad de Corpus Christi, se sintió demasiado débil para transportar la eucaristía en procesión para su adoración, y solo pudo sostener la custodia para bendecir a la gente, lloraba mientras se preguntaba:

No sé si he realizado bien las funciones de mi ministerio.

Juan María Vianney

La humildad, el amor y la fidelidad por su misión en la cotidianidad y simplicidad diarias fueron el esqueleto de su vocación.​ Y si bien recibió honores, los rechazó sistemáticamente. La cruz de la Legión de Honor que se le otorgara fue vista en público por primera vez cuando se la colocó en su ataúd.

Su discernimiento

Fueron muchos, entre quienes se arrodillaron en el confesionario de Ars, los que aseguraron que Juan María Vianney parecía saber todo de ellos sin conocerlos. Resulta difícil desestimar esto, por el elevado número y variedad de esos testimonios.​ A modo de ilustración, se toman dos ejemplos citados por su historiador Francis Trochu y reproducidos por Antonio Royo Marín:

Un joven de Lyon […] se había confesado con el cura de Ars. De repente, Vianney lo detuvo:

— Amigo, no lo has dicho todo.
— Ayúdeme usted, Padre; no puedo recordar todas mis faltas.
— ¿Y aquellos cirios que hurtaste en la sacristía de San Vicente?

Era exacto.

— ¿Cuánto tiempo lleva usted sin confesarse? —preguntó un día Juan María Vianney a un pecador empedernido que le enviaron—.

— ¡Oh!, cuarenta años.
— Cuarenta y cuatro, replicó Vianney.
El hombre sacó un lápiz e hizo una resta en la pared.

— Es mucha verdad —confesó llanamente—.

Parecía que Vianney conocía a quien tuviese delante, y ciertamente no por haber tenido relación anteriormente, o por haber recibido información previa, ni mucho menos por telepatía. Se considera que la única explicación posible del conjunto es que supiese «leer las conciencias», escrutar el interior del ser humano, e incluso enderezar su camino en el discernimiento vocacional y espiritual.