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Después de ser ordenado sacerdote en 1856, Schleyer desempeñó su labor pastoral en varias parroquias. Durante la Kulturkampf (conflicto entre el Estado y la Iglesia), fue arrestado y pasó cuatro meses en prisión (en 1875) por predicar contra el socialismo siendo párroco de Krumbach. Posteriormente, entre 1875 y 1885 trabajó en la parroquia de Santos Pedro y Pablo en Litzelstetten (junto al lago Constanza), donde en 1879 tuvo la idea de crear una lengua que facilitase las relaciones entre pueblos, a la que llamaríavolapük. Más tarde, Schleyer diría que Dios mismo le guió en esta labor.
Schleyer también era editor de la revista de poesía católica Sionsharfe. En 1885, se retiró debido a problemas de salud, y en 1894 el papa León XIII le hizo prelado. Falleció enConstanza en 1912.
En 2001 se fundó el Comité Internacional para la beatificación del prelado Johann Martin Schleyer (1831-1912).